Становление самостоятельности фамилии Аксаковых на рубеже XV – XVI веков было связано с самоутверждением и самоидентификацией родовых боярских фамилий, которые историки связывают с дальнейшей централизацией Московского государства. Именно в этот период формировалась будущая дворянская элита, которая получила свою доминирующую роль в XVI – XVII вплоть до петровского времени. В конце XV века сыновья родоначальника рода Ивана (хромого Оксака) Александр, Василий, Дмитрий и Иван были «испомещены» земельными наделами на Новгородчине и фактически влились в касту «провинциальных детей боярских». Именным Указом Ивана IV Грозного в 1550 году они были включены в списки «тысячи лучших слуг государевых» и наделены земельными наделами под Москвой. Основная масса этой «тысячи» явилась кадровым резервом для дальнейшего продвижения по дворянской лестнице.
В «Тысяцкий книге» упоминаются внуки Ивана Оксака Семен Александрович и Степан Дмитриевич. При этом упоминание имени дворянина в этом «блокноте» Ивана Грозного улучшало сословное положение и их родственников. Об этом свидетельствует и перенос имен упомянутых Семена и Степана Оксаковых в список «Дворянской тетради» (1551 … 1552), куда заносились фамилии «служилых людей московских».
Перемещение из земского новгородского дворянства на службу в Москву значительно упрочило социальное положение рода Аксаковых. Семен Александрович неоднократно упоминается в списках состава Государева двора, а его племянники сделали удачную карьеру на военной и гражданской службе, где занимали посты градоначальников и воевод, а также неоднократно исполняли личные поручения Московских государей.
Однако отношения с выделившимися в XVI веке ветвями московских и арзамаских Аксаковых не всегда были доброжелательными. В 1686 году, в период становления династии Романовых, когда пересматривались сословные книги, при подаче родовых списков для включения фамилий в «Бархатную книгу», московские Аксаковы не включили в число своих родственников ни одного представителя провинциального дворянства.